เกาะตาปู เป็น
เขาหินปูน (Limestone) มีอายุ
ยุคเพอร์เมียน (Permian) หรือประมาณ 295-250 ล้านปี เนื่องจากหินปูนมีคุณสมบัติสึกกร่อนจากการละลายน้ำได้ง่าย ดังนั้นเกาะต่าง ๆ ในบริเวณอ่าวพังงาจึงมีรูปร่างแปลก ๆ และมีหลายรูปแบบขึ้นอยู่กับการผุพังทำลายของเนื้อ
หินกำเนิดของเกาะตะปูมีความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงระดับน้ำทะเลสมัยโบราณ เดิม
เกาะตะปูและเกาะเขาพิงกันด้านตะวันออกมีสภาพเชื่อมต่อเป็นผืนเดียวกัน และอยู่บนผืนแผ่นดิน การเคลื่อนไหวของเปลือกโลกในเวลาต่อมา ทำให้เกิดมีรอยเลื่อนใหญ่เป็นแนวยาวพาดผ่านพื้นที่อ่าวพังงาด้านตะวันตก เรียกว่ารอยเลื่อนคลองมะรุ่ย รอยเลื่อนนี้ทำให้เกิดรอยเลื่อนย่อย ๆ ติดตามมาดังจะเห็นได้จากรอยเลื่อนที่เขาพิงกัน รอยเลื่อน รอยแตก และรอยแยกที่พบในหินปูนเกาะตะปู นอกจากนั้น รอยเลื่อนยังทำให้เกิดการหักพังของหินขึ้นในบริเวณรอยต่อระหว่างเขาตะปูและเขาพิงกันทางด้านตะวันออก ทำให้เขาตะปูแยกออกมาเป็นเขาลูกโดดแผ่นดินเขาตะปูและเขาพิงกันได้รับอิทธิพลจากน้ำทะเลที่แผ่ขยายเข้ามาท่วมในช่วงหลังสุดเมื่อประมาณ 10,000 ปีที่ผ่านมา ทำให้พื้นที่เขาพิงกัน และเขาตะปูมีสภาพเป็นเกาะ โดยบริเวณเขาตะปูเป็นหัวแหลมยื่นออกไปในทะเล ต่อมาหัวแหลมถูกคลื่นกัดเซาะและขัดเกลา จนกระทั่งมีรูปทรงเรียวและขาดออกจากตัวเขาพิงกันตะวันออกอย่างเด่นชัด มีสภาพเป็นเกาะหินโด่งน้ำทะเลที่ขึ้นสูงสุดเมื่อประมาณ 6,000 ปีที่ผ่านมา มีระดับสูงกว่าระดับปัจจุบันประมาณ 4 เมตร การขึ้นลงของน้ำทะเล ได้กัดเซาะเกาะตะปูให้เกิดเป็นแนวรอยน้ำเซาะหิน เว้าเข้าไปที่ระดับดังกล่าว ต่อมาน้ำทะเลลดระดับลงมาอยู่ที่ระดับความสูงประมาณ 2.5 เมตร จากระดับน้ำทะเลปัจจุบัน ระดับน้ำทะเลใหม่ได้กัดเซาะส่วนล่างของเกาะตะปูให้เกิดเป็นรอยน้ำเซาะหินแนวใหม่ คือ ระดับที่เป็นส่วนคอดกิ่วที่สุด และเป็นบริเวณที่มีสิ่งมีชีวิตเช่น
หอย เพรียง เกาะอาศัยอยู่โดยรอบเมื่อได้นำซากหอยนางรมที่ติดอยู่ในแนวรอยกัดเซาะนี้ไปหาอายุโดยวิธีคาร์บอนรังสี (C14) ได้อายุประมาณ 2,620 + 50 ปี แสดงว่ารอยคอดกิ่วนี้เกิดจากการกัดเซาะของน้ำทะเลเมื่อเวลาประมาณ 2,500 ปีที่ผ่านมา หลังจากนั้นน้ำทะเลจึงลดระดับลงมาอยู่ที่ระดับปัจจุบัน ส่วนที่คอดกิ่วที่เกิดขึ้นเมื่อ 2,500 ปีที่ผ่านมานี้เอง ทำให้เกาะตะปูมีลักษณะโดดเด่นเป็นเอกลักษณ์ และเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่มีชื่อเสียงของประเทศเกาะตะปูมีปัญหาการพังทลาย อันเกิดจากการกัดเซาะกัดเซาะของน้ำทะเล การขุดเจาะเนื้อหินเพื่อเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์จำพวกหอยนางรม เพรียง
ปู ฯลฯ ความแรงของคลื่นลมใน
ฤดูมรสุม การเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อมของ
โลก เนื่องจากปฏิกิริยาเรือนกระจกอันอาจมีผลให้คลื่นลมเปลี่ยนความเร็ว และสุดท้ายคือการ ถูกรบกวนด้วยกิจกรรมของมนุษย์ เช่น การจอดเรือโดยการทิ้ง
สมอการผูก
เรือไว้รอบเกาะ รวมทั้งคลื่นจาก
เรือหางยาวที่วิ่งรอบเกาะ